Н. Г. Чернышевский был заключен в «секретный дом» Петропавловской крепости — Алексеевский равелин. Туда помещали особенно опасных царизму борцов. Оттуда их или совсем не выпускали, или увозили в Сибирь навсегда.

Семь первых месяцев прошли в стенах мрачного каземата без суда и следствия. Чернышевский писал записки на имя председателя следственной комиссии князя Голицына, писал коменданту крепости генералу Сорокину, петербургскому генерал-губернатору князю Суворову, наконец, царю Александру II. Узник требовал, чтобы был дан ход его делу и чтобы ему предоставили свидание с женой. Но все оставалось без ответа. Тогда Чернышевский в знак протеста начал голодовку, которая продолжалась девять дней. Он позволял себе в день только несколько глотков воды, а твердую пищу выбрасывал. Сначала администрация ничего не подозревала, но наконец тюремный служитель заметил, что в камере распространяется запах разложившейся пищи. Он немедленно доложил начальству. К Чернышевскому явилась комиссия расследовать причины голодовки. Тюремный врач нашел здоровье писателя пошатнувшимся: он бледен, сильно похудел и с трудом держался на ногах. Это был первый в истории русского революционного движения случай голодовки политического заключенного. Голодовка Чернышевского подействовала на комиссию устрашающим образом. Дело Чернышевского получило ход, и свидание с женой состоялось.

Однако власти предприняли все, чтобы осудить Чернышевского. С помощью предателя, отставного офицера Всеволода Костомарова, были сфабрикованы подложные документы. Костомаров предъявил в следственную комиссию листы прокламации «Барским крестьянам». Ранее он утверждал, что прокламация написана Михайловым. После ареста Чернышевского Костомаров под давлением свыше сфабриковал записку якобы от Чернышевского как автора той лее прокламации с указанием о поправке текста в ней. Чернышевский не признал себя автором записки и указал на подделку почерка. Тогда Костомаровым было сфабриковано подробное письмо с призывом не медлить с развертыванием революционной деятельности в Поволжье.

В воззвании «Барским крестьянам» разоблачался грабительский характер реформы 1861 года и крестьянство призывалось к организованному вооруженному восстанию. Сохранившаяся рукопись этой прокламации не была написана рукою Н. Г. Чернышевского, и на допросах он отвергал свое авторство.

Одновременно с фабрикацией фальшивок, выступлением ложного свидетеля Яковлева Костомаровым и специальными экспертами была составлена записка о литературной деятельности Чернышевского в «Современнике». Судьям Чернышевского неудобно было подвергнуть его расправе за дозволенные статьи в «Современнике». Но характеристика этих статей в «Записке», составленной по заданию следственной комиссии, стала скрытым основанием к расправе над защитником идей социализма и коммунизма. Официально же Чернышевский был осужден как автор воззвания, имевшего - целью ниспровержение существующего строя. Четырнадцать лет каторги с вечным поселением в Сибири — таков был приговор. Перед отправлением в Сибирь Александр II разыграл гнусную комедию — распорядился сократить срок каторги наполовину. Однако сибирская ссылка Чернышевского продолжалась около 20 лет.

Накануне отъезда состоялась гражданская казнь Чернышевского. 19 мая 1864 года на Мытнинской площади в Петербурге его возвели на эшафот, поставили на колени, и в знак лишения всех прав палач сломал над его головой шпагу. Затем Чернышевский был прикреплен цепями к позорному столбу. Однако задуманное унижение не удалось: молодежь чествовала своего любимого учителя и друга. Жандармы поспешили свести его с эшафота раньше положенного времени и увезли в Петропавловскую крепость. На другой день Чернышевский был отправлен в Сибирь.